出自上古有巢氏。上古时，中原地区林木茂密，野兽很多，经常侵扰人类。后来有人发明了在树上构造木屋，从此人们在睡觉时就不必担心野兽的侵袭了。于是大家把这个人视作圣人，推戴他为部族首领，号称"有巢氏"，他的后代就是巢姓。尧为帝时，有个隐士名叫巢父，同当时的名士许由是好朋友。尧曾经想把帝位禅让给巢父，但被巢父谢绝。尧又想把帝位禅让给许由，许由不肯接受，躲到箕山脚下去种地；尧又请他出任九州长，他就跑到颖水边去洗耳朵，表示不愿听这种话。这时巢父正好牵这牛走过河边，他问许由为什么洗耳朵，许由说："尧叫我去做九州长，这种话弄脏了我的耳朵，所以要来洗一洗。"巢父听了冷笑一声，说："你如果住在高山深谷之中，不与世人交往，又有谁会来打扰你呢？现在你这样故作清高，其实是为了沽名钓誉，我还怕你洗耳朵的水弄脏了我的牛的嘴呢！"说完便牵着牛到上游去饮水了。大禹时封有巢氏的后代建立有巢国（今安徽巢县一带），历经夏、商、周三代，世代借为诸侯。春秋时期，楚国灭了巢国，巢国的公族后代遂以原国名命姓，称为巢姓。
以地名为姓。夏桀被商汤打败以后，逃到南巢（今安徽巢县西南），后来死在那里。他的子孙有留居在南巢的，便以地名命氏，称为巢氏。
堂号
"辞禅堂"：尧帝时有高士巢父，隐居山林，以树为巢，不谋世利。尧帝以天下让他，他坚辞不受，遂名"辞禅堂"。
巢 父：唐尧时的隐士。山居不营世利，在树上筑巢而居，时人号曰巢父。上古时禽兽多而人民少，于是人民就在树上筑巢居住以避野兽。传说尧帝以天下让给巢父，巢父不肯受，又让给许由，许由亦不肯受。
巢 谷：宋代进士。他中进士后，弃其家学，改而学习古兵法。游秦、凤、泾原间，会赦乃出。后苏辙、苏轼贬谪岭海，巢谷徒步前往拜访，见辙。又欲望海南访轼，行至新州病死。
巢鸣盛：清朝人。明崇祯举人。事母至孝，明亡母亦殆，遂筑室墓旁，曰永思阁。自号止园，隐居不仕。时人称他为贞孝先生。
东汉有司空巢堪，隋代有医学家巢元方、经学家巢猗，清代有刑部尚书巢
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